Truites de souche

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Truites de souche

Message par Yohan le Ven 22 Jan 2016 - 13:48

Truites de souche


Nous autres pêcheurs parlons souvent de truites de souches, qui d'entre nous n'a pas déjà dit préférer une vraie truite de souche plutôt qu'une bassine ?
Mais finalement savons-nous vraiment ce qu'est une truite de souche ?


Qu'est-ce qu'une souche ?
En biologie une souche désigne une lignée génétiquement uniforme mais ce terme n'a pas de réelle existence en taxonomie. Une souche est donc un concept différent de celui de l'espèce.
Sachant que le croisement de différentes souches remplit ces conditions, on peut affirmer que les souches appartiennent à une seule et même espèce et sont donc équivalentes aux variétés du monde végétal.


Proximité et variété génétique
Pour comprendre ce qu'est vraiment une souche, nous devons nous intéresser à l'origine de ces proximités génétiques au sein des populations de truites et surtout savoir pourquoi tous les individus de cette espèce n'ont pas le même génome.

Variété

Les espèces sont en permanence soumises à des mutations qui peuvent avoir différentes conséquences. Dans la majorité des cas, elles vont conduire à la mort de l'individu car la séquence d'ADN perdra sa signification et la protéine produite ne remplira plus sa fonction.
Parfois ces mutations n'auront aucun effet et seront dites silencieuses mais occasionnellement, la modification va faire apparaître une protéine nouvelle.
Ceci est vrai pour la truite fario mais aussi pour toutes les espèces de la planète, en effet, au sein de chaque espèce, il existe une variété génétique qui se traduit par l'existence de différentes versions des gènes, nommées allèles qui sont la base de la variété génétique.

Proximité

Sachant que les mutations sont une source permanente de diversité génétique, il semble peu logique qu'il existe une uniformité des individus comme nous le disions précédemment.
Cependant, il faut savoir que toutes les modifications du génome ne sont pas conservées par les individus au fil des générations. En effet, les allèles que portent une truite vont influer sur son développement, sa résistance aux pathogènes et sur la qualité de sa reproduction. Tout ces éléments se retrouvent dans un concept scientifique nommé Fitness qui définit la capacité d'un individu d'un certain génotype à se reproduire. Ce qui veut dire que certains allèles vont présenter un avantage sélectif permettant à la truite qui les porte de mieux se reproduire (quantité et qualité).
Ce principe s'appelle la sélection naturelle qui, comme son nom l'indique, va sélectionner les individus les mieux adaptés au milieu dans lequel ils vivent. Les poissons ayant une fitness supérieure vont donc se reproduire plus efficacement que les autres et leurs descendants représenteront une proportion plus importante, ce qui amène au fil des génération à la fixation d'un caractère et donc à une uniformité des membres de la population d'un milieu donné.



Différentes échelles de souche
Les caractéristiques des poissons dépendront donc du milieu dans lequel ils vivent mais aussi de l'isolement géographique de la population car celui-ci empêche la dissémination des allèles.
En France, nous pouvons déterminer une certains nombre de souches qui sera dépendant de l'échelle à laquelle nous nous plaçons.
Dans un premier temps, on peut définir deux ensembles basés sur le découpage géographique des deux grands bassins versants français, que l'on nomme Rameau Evolutif Atlantique (REA) et Rameau Evolutif Méditerranéen (REM) ou plus simplement « truites atlantiques » ou « truites méditerranéennes ».
Cependant ces ensembles sont si grands qu'il est difficile de les considérer comme uniformes d'un point de vu génétique, c'est pourquoi je préfère utiliser le terme de rameau évolutif que de souche. En effet, un rameau évolutif définit une certaine unité mais qui est basée sur une histoire évolutive, c'est à dire que les truites faisant parti du REM partagent un ancêtre commun provenant possiblement de la mer méditerranée.
Ces truites, qui étaient forcément différentes de celles d'aujourd'hui, se sont donc implantées dans tout le réseau hydrographique et la sélection naturelle a fait son œuvre. On peut donc actuellement définir des souches pour chaque bassin versant voire pour chaque cours d'eau, en fonction du seuil de proximité génétique que l'on défini.
Souche et robe
Pour différencier les souches, nous autres pêcheurs nous basons souvent sur « la robe » de la truite qui correspond au phénotype macroscopique mais est-ce un bon indicateur ?
Oui et non !
Dans un certain sens, le phénotype étant dépendant du génotype, il semble logique qu'il puisse nous renseigner sur la souche de la truite. Cependant, les gènes codant pour les caractéristiques externes (pigmentation, morphologie etc...) ne représentent qu'une faible proportion de l'ensemble du génome et ne sont pas forcément significatifs. Se baser sur la robe d'une truite revient donc à essayer de deviner la marque d'une voiture en ne regardant que la couleur de la carrosserie.
De plus, les gènes n'ont pas un déterminisme absolu sur le phénotype macroscopique, en effet, l'environnement peut directement influer sur l'expression des protéines et induire une modification du phénotype sans modification du génotype.
Ensuite, même si un gène code pur une protéine, il y a ne nombreux caractères observables qui dépendent d'une cascade de gènes ce qui rend difficile la corrélation entre robe et génome.





















Lexique :
Taxonomie : est une science qui a pour objet de décrire les organismes vivants et de les regrouper en entités appelées taxons afin de les identifier puis les nommer et enfin les classer en se basant sur l'histoire évolutive des espèces.  
Espèce : ensemble d'êtres vivants semblables pouvant donner une descendance féconde.
Génome : Ensemble des gènes d'un être vivant
Mutations : modification aléatoire de la séquence d'ADN
Allèles : version d'un gène
Fitness : La valeur sélective (succès reproducteur, valeur adaptative ou fitness en reprenant le nom anglais) est un concept central en théorie de l'évolution. Elle décrit la capacité d'un individu d'un certain génotype à se reproduire. C'est une mesure de la sélection naturelle.
Génotype : Ensemble de l information génétique d un organisme.  
Sélection naturelle : c'est l'un des mécanismes qui causent l'évolution des espèces. Ce mécanisme est particulièrement important du fait qu'il explique l'adaptation des espèces aux milieux au fil des générations.  
Phénotype : Ensemble des caractères observables d'un individu. Le phénotype correspond à la réalisation du génotype (expression des gènes) mais aussi des effets du milieu, de l'environnement.
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Re: Truites de souche

Message par Yohan le Ven 22 Jan 2016 - 13:49

Bon y a deux trois merde de mise en page, je l'ai en pdf si quelqu'un veut faire ça proprement.

Bonne lecture !

PS : un petit complément de génétique pour ceux que ça intéresse :
http://www2.ac-lyon.fr/etab/lycees/lyc-01/bichat/IMG/pdf/Theme_1_Chap_4_Genetique.pdf
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Re: Truites de souche

Message par flyman30 le Ven 22 Jan 2016 - 14:36

Merci ok
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Re: Truites de souche

Message par dede le Ven 22 Jan 2016 - 14:46

oui ça confirme ce que j'ai dis dans l'autre poste, en un peu moins explicite large sourire 1
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Re: Truites de souche

Message par Yodelman le Ven 22 Jan 2016 - 15:27

très bien superok
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Re: Truites de souche

Message par clarée le Ven 22 Jan 2016 - 16:49

merci yohan

une question subsidiaire ne concernant que la truite

Les truites existent depuis quelques millions d'années, la dernière glaciation et la fonte des glaciers a eu la peau des truites anciennes sur une grande partie du continent mais surement pas partout, savons nous quelque chose sur ces anciennes résidentes en France métropolitaine?
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Re: Truites de souche

Message par Yohan le Ven 22 Jan 2016 - 17:49

@clarée a écrit:Les truites existent depuis quelques millions d'années, la dernière glaciation et la fonte des glaciers a eu la peau des truites anciennes sur une grande partie du continent mais surement pas partout, savons nous quelque chose sur ces anciennes résidentes en France métropolitaine?

Excellente question !

Les salmonidés font parti du groupe des téléostéens qui sont apparus il y a environ 100Ma, nous devons donc nous intéresser à l'histoire géologique de cette période jusqu'à l'actuel.
De -100Ma à -65Ma, la France actuelle était en quasi totalité située à 200m sous le niveau de la mer (excepté le massif central) en zone tropicale donc la question ne se pose pas. Ce n'est seulement à partir de -50Ma, au début de la collision alpine que la France commence à émerger mais nous sommes toujours dans une période relativement chaude. J'ai pas trouvé des masses d'informations sur la période entre -50Ma et -2Ma, ce qui nous amène au début du quaternaire qui est marquée par une diminution de la température globale et un certain nombre d'ères glaciaires.

A quelques centaines de mètre près, les continents étaient placés de la même manière qu'actuellement, ce qui va faciliter le travail, par contre le niveau de la mer (eustatisme) est très dépendant de la température globale, en gros, plus il fait froid plus il y a de glace, moins il y a d'eau dans les océans. Et ceci peut fausse mon interprétation mais je n'ai pas assez de données là dessus.

Ce qui est sûr, c'est que les ères glaciaires quaternaires, même à leur maximum (Wurm, il y a 25000ans) n'ont jamais produit de calottes suffisamment grandes pour couvrir la France. On estime que la calotte polaire devait s'étendre jusqu'à la moitié de l'Angleterre. Une seule exception en France : les Alpes.

A partir de ça, on peut déduire que l'hypothèse de la disparition des truites lors de la glaciation est fausse.

Je pense donc que le REM et REA s'expliquent par une colonisation des rivières par une même espèce marine qui s'est établie en eau douce bien avant les glaciations et que les différences actuelles s'expliquent par une évolution de plusieurs populations isolées géographiquement (ceci est vrai pour le REA, REA et les macrostigma corse).

Ce qui fait que la seule zone qui a été conquise puis abandonnée et reconquise serait les Alpes mais aucun individu n'a pu survivre à cause de la glaciation (plus de 1000m de glace dans la vallée du Rhône).
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Re: Truites de souche

Message par clarée le Ven 22 Jan 2016 - 18:18

C'est en effet une hypothèse intéressante  mais pour la macrostigma que l'on retrouve ailleurs qu'en Corse cela semble posé problème encore que la variabilité du  niveau de le méditerranée puisse peut être expliqué le fait .
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Re: Truites de souche

Message par grassouille le Ven 22 Jan 2016 - 18:32

@clarée a écrit:C'est en effet une hypothèse intéressante  mais pour la macrostigma que l'on retrouve ailleurs qu'en Corse cela semble posé problème encore que la variabilité du  niveau de le méditerranée puisse peut être expliqué le fait .

 il y-aussi l'hypothèse que la mer méditerranée n'existé pas a une certaine époque ce qui aurait pu favorisait la colonisation de divers pays par la souche macrostigma. Ou bien encore que la mer méditerranée  aurait eu un taux de salinité et une température plus basse suite a la fonte des glaces. Mais ce ne sont que des hypothèses.
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Re: Truites de souche

Message par Yohan le Ven 22 Jan 2016 - 18:38

Pas impossible pour l'Italie mais pour le Maroc et l'Algérie,c'est plus compliqué la mer méditerranée me semble trop profonde pour ça soit vraisemblable.

Je pense que le phénotype ressemble à la macrostigma mais le génotype peut être très différents et ces truites peuvent être de "souche" différente voire même un autre rameau évolutif.

Ce qui me semble cohérent car il y a bien certaines truites du continents qui ressemblent aux macrostigmas.
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Re: Truites de souche

Message par Yohan le Ven 22 Jan 2016 - 18:43

@grassouille a écrit:
@clarée a écrit:C'est en effet une hypothèse intéressante  mais pour la macrostigma que l'on retrouve ailleurs qu'en Corse cela semble posé problème encore que la variabilité du  niveau de le méditerranée puisse peut être expliqué le fait .

 il y-aussi l'hypothèse que la mer méditerranée n'existé pas a une certaine époque ce qui aurait pu favorisait la colonisation de divers pays par la souche macrostigma. Ou bien encore que la mer méditerranée  aurait eu un taux de salinité et une température plus basse suite a la fonte des glaces. Mais ce ne sont que des hypothèses.

La mer méditerranée existe depuis des millions d'années donc non.

Le taux de salinité, je ne pense pas que ça soit lié. D'un point de vue évolutif, les poissons étaient d'abord accoutumés à l'eau de mer avant de conquérir les eaux douces et il existe encore actuellement des espèces pouvant vivre dans les deux milieux (potamotoque)
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Re: Truites de souche

Message par MARAUD le Ven 22 Jan 2016 - 20:31

intéressant cette discussion super
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http://skydrive.live.com/home.aspx?wa=wsignin1.0&sa=81616687

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Re: Truites de souche

Message par grassouille le Ven 22 Jan 2016 - 20:49

Quoi que nous pensions, nous ne le sauront  jamais.....mais c'est intéressent d’essayer  de comprendre.
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Re: Truites de souche

Message par Yohan le Ven 22 Jan 2016 - 21:07

Avec une étude génétique on pourrait savoir et même évaluer de quand date la séparation des populations et l'apparition des souches.
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Re: Truites de souche

Message par Geoffrey73 le Ven 22 Jan 2016 - 21:48

Jolie exercice de style  super, pas facile d'expliquer avec des mots et une syntaxe simples, des choses aussi complexes
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Re: Truites de souche

Message par Patrick74 le Ven 22 Jan 2016 - 21:57

@grassouille a écrit:Quoi que nous pensions, nous ne le sauront  jamais.....mais c'est intéressent d’essayer  de comprendre.
c'est clair ok

sinon, Yo rappel toi une phrase de ta bouche a propos d'Alain
maintenant on est sur tu es son disciple
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Re: Truites de souche

Message par Yohan le Ven 22 Jan 2016 - 22:06

J'ai pas pigé
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Re: Truites de souche

Message par Patrick74 le Ven 22 Jan 2016 - 22:17

" c'est quand même incroyable qu'un type aussi con puisse dire quelques chose aussi intelligent "
c'est de toi ça fucking
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Re: Truites de souche

Message par grassouille le Ven 22 Jan 2016 - 22:22

@Patrick74 a écrit:
@grassouille a écrit:Quoi que nous pensions, nous ne le sauront  jamais.....mais c'est intéressent d’essayer  de comprendre.
c'est clair ok

sinon, Yo rappel toi une phrase de ta bouche a propos d'Alain
maintenant on est sur tu es son disciple


La je ne comprend pas, est-ce un proverbe car je n'est pas souvenance avoir dit une phrase en rapport avec Alain?
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Re: Truites de souche

Message par Yohan le Ven 22 Jan 2016 - 22:24

J'avais oublié ! Je devais être en forme ce jour là !

Il vaut mieux ça qu'être con et dire que des conneries ! large sourire 1
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Re: Truites de souche

Message par Yohan le Ven 22 Jan 2016 - 22:25

@grassouille a écrit:

La je ne comprend pas, est-ce un proverbe car je n'est pas souvenance avoir dit une phrase en rapport avec Alain?
C'est à moi qu'il s'adresse  Wink
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Re: Truites de souche

Message par Patrick74 le Ven 22 Jan 2016 - 22:37

vi, c'est une anecdote avec un pote a nous Wink

rien a voir avec Alain le corse du forum qu'on a pas vu depuis un peu d'ailleur Arrow
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Re: Truites de souche

Message par grassouille le Ven 22 Jan 2016 - 22:55

@Patrick74 a écrit:vi, c'est une anecdote avec un pote a nous Wink

rien a voir avec Alain le corse du forum qu'on a pas vu depuis un peu d'ailleur Arrow

D'accord, ce Alain est-ce un garde pêche ?
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Re: Truites de souche

Message par Yohan le Sam 23 Jan 2016 - 6:59

Oula non ! S'il arrivait à se garder lui même ça serait un bon début
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Re: Truites de souche

Message par raphh le Sam 23 Jan 2016 - 7:27

Yohan superok très intéressant.
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Re: Truites de souche

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