introgression

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Re: introgression

Message par toctoctoc60 le Jeu 5 Mar 2015 - 7:11

Une vache n'y retrouverai pas son veau ! large sourire 1

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Message par clarée le Jeu 5 Mar 2015 - 10:27

elle est très bien ta truite castor, souche tarn à part là-bas on ne trouve pas ce genre d'atlantique donc je parierais sur une souche très correcte
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Message par Castor 1er de la Castille le Jeu 5 Mar 2015 - 15:14

Personnellement , je pense que le Sud Aveyron a ses truites , qui se rapprochent (si ce ne sont pas ) de la souche méditerranéenne . Je ne suis pas chercheur , donc je me fie a ce que je pêche et crois moi , il faut être spécialiste pour y mettre une réponse , et encore ? tant la diversité des robes est grandes . Sur la Dourbie , le Cernon , le Tarn , la Sorgue on trouve des truites a robes rayés et sans aucun points rouge (comme celle de la premiere photo ) parmi d'autre, que j'appelle les 'Suedoises' qui sont pas élancés et avec de gros points rouges qui proviennent certainement d'une pisciculture mais qui sont entières (mais pas jolies , elle ont la même morphologie que la plus part des truites de Garonne  ) .Puis de temps en temps , une qui est plus belle un peu dans ce genre Atlantique
(Ce n'est pas moi qui l'ai péché celle ci ) c'est juste un exemple .Alors , ils peuvent bien rire de moi , mais moi je sais ce que je pêche , mais pas eux avec leurs soit disant truites sauvages  Laughing Rolling Eyes


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Message par clarée le Jeu 5 Mar 2015 - 17:48

celle là elle est de moi  (chalaux)(c'est en partie pour cela que cette rivière est ma préférée) plus aleviné depuis très longtemps mais je ne sais pas si il s'agit de la souche originelle car il y a du avoir des travaux importants il y a quelques décennies et pas sur que le parcours n'ait pas été aleviné derrière.
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Message par Castor 1er de la Castille le Jeu 5 Mar 2015 - 18:29

@clarée a écrit:celle là elle est de moi  (chalaux)(c'est en partie pour cela que cette rivière est ma préférée) plus aleviné depuis très longtemps mais je ne sais pas si il s'agit de la souche originelle car il y a du avoir des travaux importants il y a quelques décennies et pas sur que le parcours n'ait pas été aleviné derrière.
De toute façon , c'est une belle truite comme on aime les pécher super
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Message par Castor 1er de la Castille le Jeu 5 Mar 2015 - 18:39

Voila de véritables Méditerranéennes pure souche super
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Message par Simon le Jeu 5 Mar 2015 - 20:23

j'ai posé la question récemment à un généticien, de l'éventuel lien existant entre ces % qu'on retrouve dans les études et l'"aspect de la truite" tel que nous le percevons en tant que pêcheur. Je lui ai cité en exemple bon nombres de secteurs méditerranéens que je pêche où les fédés se targuent d'avoir des souches pures méd à 95% alors que les poissons n'ont plus vraiment les caractères phénotypiques méditerranéens... (je pensais à une éventuelle introgression  se faisant en premier lieu sur les gènes codant pour la robe). Sa réponse était formelle : les connaissances scientifiques sur le lien introgression/modifications phénotypiques sont aujourd'hui au ras des pâquerettes... impossible de trouver des données claires sur ce sujet pourtant passionnant et essentiel pour celui veut quantifier l'impact réel "esthétique" de cette poignée de gènes fumeux...
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Message par el gringo le Jeu 5 Mar 2015 - 21:07

ben ça me fait plaisir que tu dises ça. ça me conforte dans mes idées
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Message par stephlimousin le Mer 11 Mar 2015 - 17:47

@Simon a écrit:j'ai posé la question récemment à un généticien, de l'éventuel lien existant entre ces % qu'on retrouve dans les études et l'"aspect de la truite" tel que nous le percevons en tant que pêcheur. Je lui ai cité en exemple bon nombres de secteurs méditerranéens que je pêche où les fédés se targuent d'avoir des souches pures méd à 95% alors que les poissons n'ont plus vraiment les caractères phénotypiques méditerranéens... (je pensais à une éventuelle introgression  se faisant en premier lieu sur les gènes codant pour la robe). Sa réponse était formelle : les connaissances scientifiques sur le lien introgression/modifications phénotypiques sont aujourd'hui au ras des pâquerettes... impossible de trouver des données claires sur ce sujet pourtant passionnant et essentiel pour celui veut quantifier l'impact réel "esthétique" de cette poignée de gènes fumeux...
Oui, simon, ça doit pas être loin de la vérité.
J'ai réussi à me procurer les 2 premiers tomes du programme genetrutta 2012-2015 qui vient en complément du programme genesalm 2006-2008. Pour l'instant, ils ne sont pas diffusables "grand public", ils le seront aprés l'édition du 3ème tome, fin 2015.
Les analyses sont extrèmement complexes, j'ai du relire les rapports plusieurs fois en faisant des recherches sur certains termes employés.
Donc voici quelques elements synthétisés pour ceux qui se posent des questions.
-La recherche du pourcentage d'introgression
un echantillonage de truites est prélevé sur une portion de cours d'eau, celles qui présentent un caractère visuel et évident domestique sont écartées ( juste les manches courtes bien abimées, je suppose)
l'analyse génétique est effectuée sur des morceaux de nageoires prélevées par methode moléculaire ( je vous epargne la description du procédé, faudrait que je le relise une 50ème fois pour bien comprendre large sourire 1 ), puis par méthode statistique.
Chacune de ces nageoires possède donc son génotype, il n'existe pas de génotype " je viens d'une pisciculture", on utilise donc le génotype de la souche domestique la plus commercialisée en france et provenant de la domestication effectuée par l'INRA dans les années 80 qui est connu( là, attention, premier couac, on ne sait pas ce qui a été fait avant, et cette souche n'a pas été utilisée par toutes les piscicultures depuis les années 80)
Ensuite les données sont analysées par méthodes statistiques au moyen d'un diagramme comme ci dessous, en blanc les truites présentant des gènes domestiques, en rouge des truites n'en présentant pas ( ou des pas connus ) Plus les points sont rapprochés, plus les gènes sont semblables.
 
Ici, les truites en blanc sont retirées de l'analyse, on ne garde que les rouges, qui sont la souche de la rivière et on nous dit qu'il y a 0% d'introgression ( alors que la rivière est pleine de poissons présentant des caractères domestiques, mais il n'y a pas eu hybridation)

un autre exemple, bien différent, le gave de pau, lisez bien l'analyse en dessous



-Les différentes souches de truites


Comme l'indique la carte, une structure par grands bassins, correspondant aux grands fleuves. L'analyse indique que les truites atlantiques ont de faibles différences génétiques, même d'un bassin à l'autre.
Les truites méditéranéennes et corses sont elles fort différentes même d'une rivière à l'autre.

Un petit cocorico pour le point de couleur différente que vous voyez en plein centre de la france, et cette phrase tirée du rapport
"les 3 stations de la haute vienne ( vienne, maulde, combade) sont remarquablement homogènes, mais elles sont géographiquement trés proches"
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Message par tangaraf le Mer 11 Mar 2015 - 20:04

j'adore! super

Du coup, sur les diagrammes , on voit bien qu'on peut faire le tri!
Par contre le gave de Pau, on sais pas trop ce qu'on pêche ...

La répartition des truites en particuliers les meds ,çà aussi c'est cool... Wink

C'est bien le genre de rapport que je lirais bien l'hiver prochain (pas maintenant, on va commencer à avoir autre chose à faire...!) study
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Message par clarée le Mer 11 Mar 2015 - 20:36

merci steph
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Message par HautVerdon le Mer 11 Mar 2015 - 21:03

@tangaraf a écrit:j'adore! super

Du coup, sur les diagrammes , on voit bien qu'on peut faire le tri!

Jusqu'à un certain point puisqu'avant 1980, on sait pas trop ce qui s'est passé...Qui te dit que personne avant n'a pas essayé de jouer les apprentis sorciers .
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Message par tangaraf le Mer 11 Mar 2015 - 21:23

on est bien d'accord, c'était plus par "chauvinisme" Wink
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Message par clarée le Mer 11 Mar 2015 - 21:24

1980 c'était le boum de l'alevibassinage, l'argent coulait à flot....il y avait en côte d'or une chiée de piscicultures qui élevaient des truites différentes pour la plupart puisqu'on choisissait justement celles que l'on allait mettre en fonction de leur robe, j'étais gamin mais je me rappelle bien des discussions à ce sujet au sein de l'appma d'autant plus que je les trouvais très bien moi les bassines Embarassed


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Message par Pere castor le Mer 11 Mar 2015 - 21:37

et ça fait 35 ans déjà!!!  scratch Shocked

j'péchai pas encore, les poissons allaient encore m'attendre une quinzaine d'années
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Message par milou le Mar 24 Mar 2015 - 0:38


La robe de celle-là Castor est en tout point fidèle à la robe type des truites de souche Tarn. Il n'y a rien de méditerranéen ssauf peut-etre le fait qu'elle soit zébrée mais les zébrures ne sont pas un critère (on en a ici aussi). Les truites de ssouche Tarn sont assez facilement identifiables. Et il y a une grande cohérence de robe, peut être pas dans tout le bassin Garonne mais dans une grande partie de ce bassin (Lot, Tarn, Dordogne). Y a que dans les Pyrénées que ça s'embrouille un peu sauf la robe type des truites de souche Garonne qui reste cohérente avec celle-ci.

Je suis intimement convaincu de la détermination hautement possible des gènes sauvages et autochtones à la vue des robes. Après impossible de savoir les % d'introgressions à la vue des robes mais ça je m'en fous et, à ce qu'il me semble comprendre des méthodes d'investigations des généticiens en la matière, ça ne me convainc pas plus que ça...

Enfin, juste mon avis, sur l'idée de "est-ce qu'une truite, prise dans la rivière X avec 10% de gènes sauvages et 90% de gènes domestiques peut présenter une robe conforme avec celle de la souche de cette même rivière X?
Difficile de savoir.... impossible peut-etre.... mais j'ai idée que ca dépend des bassins et des populations qui se sont métissées. Il doit y avoir des caractères ornementaux codés par des gènes dominants qui s'imposent plus et d'autres moins. Et j'imagine aussi que les robes ont des utilités de camouflage, d'intimidation, de séduction, etc... et qu'ainsi les robes les plus ornementées se transmettent peut-être plus.... sans que ce soit forcément les plus originelles....
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Message par MARAUD le Mar 24 Mar 2015 - 6:02

content de te relire un peu,milou! Very Happy super
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Message par Pechadou le Mar 24 Mar 2015 - 7:37

@MARAUD a écrit:content de te relire un peu,milou! Very Happy super

Pareil . super
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Message par el gringo le Mar 24 Mar 2015 - 7:56

pour moi il n'y a plus une seule riviére avec ça souche comme elle devait être présente avant les années 50. ça parait surréaliste que dans une riviére aleviné il se passe 60 ans de brassage et de repro et que des vrai autochtones de l'époque se reproduisent qu'entre elle. D'aprés ce que j'ai compris par exemple en 66, ya pas le moindre pissadou qui est pas été aleviné. Même dans des textes d'étude scientifique on mentionne une souche pure Med sur la partie trés amont d' un petit ruisseau du 66 (qui a disparue maintenant à priori à cause de la grande sécheresse de 2003 probablement) . il se trouve qu'en parlant avec des locaux on peut apprendre qu'un berger l'avait aleviné avec des alevins d'une riviére voisine du côté Espagnol. alors les études génétiques pour déterminer les souches tout comme Milou ça doit être un peu du flan , ça permet peut être juste de dire, ici il y a de la souche de telle ou telle pisciculture...
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Message par leny le Mar 24 Mar 2015 - 10:55

@milou a écrit:

La robe de celle-là Castor est en tout point fidèle à la robe type des truites de souche Tarn. Il n'y a rien de méditerranéen ssauf peut-etre le fait qu'elle soit zébrée mais les zébrures ne sont pas un critère (on en a ici aussi). Les truites de ssouche Tarn sont assez facilement identifiables. Et il y a une grande cohérence de robe, peut être pas dans tout le bassin Garonne mais dans une grande partie de ce bassin (Lot, Tarn, Dordogne). Y a que dans les Pyrénées que ça s'embrouille un peu sauf la robe type des truites de souche Garonne qui reste cohérente avec celle-ci.

Je suis intimement convaincu de la détermination hautement possible des gènes sauvages et autochtones à la vue des robes. Après impossible de savoir les % d'introgressions à la vue des robes mais ça je m'en fous et, à ce qu'il me semble comprendre des méthodes d'investigations des généticiens en la matière, ça ne me convainc pas plus que ça...

Enfin, juste mon avis, sur l'idée de "est-ce qu'une truite, prise dans la rivière X avec 10% de gènes sauvages et 90% de gènes domestiques peut présenter une robe conforme avec celle de la souche de cette même rivière X?
Difficile de savoir.... impossible peut-etre.... mais j'ai idée que ca dépend des bassins et des populations qui se sont métissées. Il doit y avoir des caractères ornementaux codés par des gènes dominants qui s'imposent plus et d'autres moins. Et j'imagine aussi que les robes ont des utilités de camouflage, d'intimidation, de séduction, etc... et qu'ainsi les robes les plus ornementées se transmettent peut-être plus.... sans que ce soit forcément les plus originelles....

super
et puis la robe dépend des genes (cad de l'introgression), mais aussi de l’environnement, de l'intervention gene/environement, du temps et surtout du hasard... alors impossible a l'oeil de dire un taux d'introgression. certains spécialistes de leurs riviere sont capable de s'approcher ou d'avoir un résultat correct car ils connaissent bien leur coin mais ça reste tres difficile d'évaluer une pression environnementale, et une contrainte gene/environement. Et le hasard quand a lui ne se prévoit pas...
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Message par Yohan le Mar 24 Mar 2015 - 12:05

Moi ce qui me tracasse, c'est pourquoi est-ce qu'on s'intéresse tant à la génétique des truites !?

Je suis d'accord que ça serait bien mieux de pêcher des vraies truites autochtones mais actuellement, je sais même pas si ça existe encore.
Faire des études pour faire un état des lieux, je suis OK, comme ça on sait ce qu'on pêche et on se leurre pas.
Après il faut bien voir que ces études ne pourront pas servir à améliorer les choses, puisque ce n'est pas possible. On ne va pas exterminer les pops en place pour aleviner avec des souches "pures", on est d'accord qu'aleviner pour lutter contre les méfaits de l'alevinage c'est le serpents qui se mord la queue....

Ensuite, qu'est-ce que ça change que la truite possède des gènes provenant d'un rameau évolutif différents ?
La biologie est basé sur le concept de la fitness (capacité à avoir le plus de descendants possible étant les plus forts = mieux adaptés), donc si actuellement les truites bassinées introgressent les pops, c'est qu'elles sont mieux adaptés sinon, leurs gènes auraient été perdus (sélection naturelle).

Ensuite, se baser sur le phéno pour identifier l'origine génétique d'une truite, c'est de la branlette ! Les gènes du phéno représentent qu'une TRES faible part des gènes existants ! On partage 99% de notre génome avec le chimpanzé et mis à part certains gars des pyrénées, il y a pas mal de différences...
Avec ça il faut tenir compte des dominances et récessivités. C'est pas parce qu'un gène n'est pas exprimé, qu'il ne fait pas parti du patrimoine génétique de l'individu.

Tout ça pour dire que les connaissances en génétique de l'élite de la science sont encore insuffisante pour pouvoir affirmer des choses (comme le soulignait Simon), alors comment voulez-vous qu'on débâte ici sur l'origine des truites d'après une photo ?

Pour illustrer encore un peu plus, je vais vous parler du transfert horizontal. C'est l'échange de gènes entre des individus vivants (contrairement au vertical, transmission par la repro). J'ai assisté récemment à une conférence où le gars nous a expliqué qu'une part non négligeable du génome de CHAQUE être vivant ne vient pas de ses parents mais des transferts réalisés par des bactéries et des virus au cours même de la vie de l'individu.
Ce qui revient à dire que les truites sont beaucoup plus introgressées par les bactéries, les végétaux, les vairons et autres conneries vivants avec elles que par les truites elles-mêmes !

Sur ce, allez à la pêche et ne vous posez pas trop de questions ! Comme on dit, bien heureux les ignorants...
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Re: introgression

Message par Xavier le Mar 24 Mar 2015 - 12:29

Moi ce qui me tracasse, c'est pourquoi est-ce qu'on s'intéresse tant à la génétique des truites !?
Comme ça, on a l'impression d'être intelligent.... j'ai tenté de lire des rapports à ce sujet, j'ai abandonné à la sixième ligne....
pêcher des truites me suffit maintenant, native de la rivière, avec la robe qu'elle veulent, je m’en tape le coquillard, mais une chose est sur, les conneries passées ne doivent être réparées avec des solutions hasardeuses, comme l'éradication de truites d'origine danoise, ou le bassinage en truite dite de souche (je me demande à quoi on peut faire référence)
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Message par lamicheric le Mar 24 Mar 2015 - 12:42

Belle démonstration Yohan  super
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Message par el gringo le Mar 24 Mar 2015 - 12:53

le bassinage en truites de souches c'est pour justifier l'halieutisme et les emploies des pisciculteurs fédéraux.
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Re: introgression

Message par Benji le Mar 24 Mar 2015 - 15:09

@Yohan a écrit:Moi ce qui me tracasse, c'est pourquoi est-ce qu'on s'intéresse tant à la génétique des truites !?

Je suis d'accord que ça serait bien mieux de pêcher des vraies truites autochtones mais actuellement, je sais même pas si ça existe encore.
Faire des études pour faire un état des lieux, je suis OK, comme ça on sait ce qu'on pêche et on se leurre pas.
Après il faut bien voir que ces études ne pourront pas servir à améliorer les choses, puisque ce n'est pas possible. On ne va pas exterminer les pops en place pour aleviner avec des souches "pures", on est d'accord qu'aleviner pour lutter contre les méfaits de l'alevinage c'est le serpents qui se mord la queue....

De ce que j'ai pu en lire, la génétique permet d'évaluer les impacts de l'anthropisation des rivières (notamment avec la fragmentation) qui peut avoir des conséquences assez importantes sur les populations !

Comme dans pas mal de secteurs, mais encore plus en écologie des systèmes aquatiques les ricains sont largement devant nous mais c'est clair que tomber sur des papiers "de chez nous" avec des noms de rivières qui nous parlent Smile
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Message par el gringo le Mar 24 Mar 2015 - 16:32

ah oui les ricains des zétazunis (je précise car l'américain il est aussi au centre et au sud du continent), un modéle pour l'humanité et la planéte 
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